Era profesional

Era Profesional (1951-Presente)
En 1951, los campeonatos se comenzaron a disputar de forma profesional, durante este tiempo de transición Universitario tuvo que esperar diez años para volver a ser campeón, así en 1959 logra el campeonato tras empatar a tres goles con el Deportivo Municipal en el encuentro final.[25] En la década de los 60, Universitario obtiene cinco campeonatos más, el primero de ellos en 1960, tras empatar sin goles con Sport Boys del Callao. Consiguieron el campeonato tras 11 triunfos, 3 empates y 4 derrotas,[26] logrando así su segundo bicampeonato. El 19 de marzo de 1961, Universitario debuta en la Copa Libertadores contra Peñarol de Uruguay, el cual vence con un marcador de 5-0.[27]
Luego de ocupar el tercer lugar en los campeonatos de 1962 y 1963, la U campeona en 1964, holgadamente (nueve puntos sobre el segundo lugar).[28] En 1965, la Federación Peruana de Fútbol permite la participación de equipos de todo el país en el campeonato y al año siguiente nacería el denominado «Torneo Descentralizado de Fútbo», un año después debuta en el club Héctor Chumpitaz y Universitario campeona, venciendo en la final 2-1 al Centro Iqueño.[29] En 1967 Universitario consigue su tercer bicampeonato.[30]
El 27 de febrero de 1968, la U vence al Always Ready de Bolivia por 6-0, siendo la mayor goleada lograda por el club en una competencia internacional.[31] En el campeonato de 1969, el equipo crema consiguió el campeonato nacional tras empatar 1-1 con el Atlético Grau de Piura, con el que completó 25 unidades.[32] El 19 de septiembre de 1970, la U vence al Atlético Torino por 9-0, siendo la mayor goleada conseguida por el club en el campeonato nacional. En 1971 la «U» obtiene el campeonato con varias fechas de anticipación, con 46 puntos (a 6 puntos de ventaja sobre el segundo).[33]
En la Copa Libertadores de 1972, Universitario con un equipo suplente llegó hasta la final, pues sus principales futbolistas se encontraban con la selección en la denominada «Gira de los tres continentes».[34] Universitario formó parte del grupo 4 junto con Alianza Lima, Universidad de Chile y Unión San Felipe.[35] El primer encuentro de Universitario fue el superclásico peruano, logrando una victoria por 2-1. Los dos siguientes encuentros fueron en Santiago contra la Universidad de Chile siendo derrotado 1-0 y contra Unión San Felipe con el que empató 0-0. Universitario regresó al Perú para enfrentarse contra Alianza Lima donde consiguió un empate 2-2. En los dos últimos encuentros la U recibió en Lima a Unión San Felipe y a la Universidad de Chile donde consiguió dos victorias por 3-1 y 2-1 respectivamente, obteniendo 8 puntos, lo cual le permitió avanzar a la siguiente ronda como primero del grupo.